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Durch die Änderung des Steuervereinfachungsgesetzes 2011 wurde die elektronische Rechnung der Papierrechnung grundsätzlich gleichgestellt. Dies gilt unabhängig davon, in welchem Format (PDF, XML, EDIFACT etc.) die elektronische Rechnung erstellt und versendet wurde. Voraussetzung ist, dass die elektronische Rechnung die entsprechenden Pflichtangaben des § 14 und ff. Umsatzsteuergesetzes (UStG) enthält. Detaillierte Anforderungen an den elektronischen Rechnungsaustausch ergeben sich aus den Grundsätzen zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form sowie zum Datenzugriff (kurz GoBD), die vom Bundesministerium der Finanzen (BMF) erlassen wurden.

Elektronische Rechnungen sind Zehn Jahre lang digital zu archivieren. Die Aufbewahrungsfrist beginnt grundsätzlich mit dem Schluss des Kalenderjahres, in dem die Rechnung ausgestellt worden ist. Zu den weiteren Prüfpunkten nach GoBD zur richtigen Aufbewahrung von Rechnungen gehören unter anderen:

  1. Für die Betriebsprüfungszwecke müssen die elektronischen Rechnungen lesbar sein und lesbar bleiben. Die Aufbewahrung von Rechnungen ist so durchzuführen, dass sie nachträglich nicht mehr verändert werden können. Bei späteren Änderungen muss der ursprüngliche Inhalt als auch die Änderungen erkennbar bleiben. Auch Systemwechsel oder Systemabschaltungen im Hard- oder Softwarebereich dürfen die unveränderbare Aufbewahrung nicht beeinträchtigen.
  2. Elektronische Rechnungen sind zeitnah, d. h. möglichst unmittelbar nach Eingang oder Entstehung gegen Verlust zu sichern.
  3. Die elektronische Zustellung von Rechnungen darf nur mit Einwilligung des/der Empfänger:in geschehen. Eine genaue praktische Umsetzung ist allerdings gesetzlich nicht geregelt. Es ist aber empfehlenswert, den zukünftigen, elektronischen Rechnungsversand aktiv und transparent zu kommunizieren.
  4. Unternehmen sind bei der elektronischen Aufbewahrung von Rechnungen nicht dazu verpflichtet, die Rechnungen im Inland aufzubewahren. Sofern ein Online-Zugriff auf die Informationen jederzeit möglich ist und das Finanzamt informiert wurde, ist auch die Aufbewahrung von Rechnungen im übrigen Gemeinschaftsgebiet zulässig.
  5. E-Mails mit der Funktion eines Handels- oder Geschäftsbriefs oder Buchungsbelegs sind in elektronischer Form aufzubewahren. Soweit eine E-Mail jedoch ausschließlich als reines Transportmittel (wie Briefumschlag) dient, um die angehängte elektronische Rechnung zu übermitteln, ist diese grundsätzlich nicht zusätzlich aufzubewahren. Die Aufbewahrungspflicht bezieht sich ausschließlich auf den transportierten Inhalt (z. B. PDF-Datei).
  6. Werden Rechnungen in Papierform empfangen und anschließend elektronisch erfasst, so ist der Scan so aufzubewahren, dass die Wiedergabe mit dem Original bildlich übereinstimmt. Nach dem Einscannen dürfen Papierrechnungen – soweit sie nicht nach Spezialvorschriften im Original aufzubewahren sind – unter bestimmten Voraussetzungen (Durchführung der Verfahrensdokumentation) vernichtet werden. Insbesondere muss das verwendete Erfassungs- und Archivierungsverfahren den GoBD entsprechen.
  7. Für den elektronischen Rechnungsaustausch bzw. die Digitalisierung von Papierrechnungen ist der Ablauf in einer Verfahrensdokumentation zu erfassen. Aus der Verfahrensdokumentation muss sich insbesondere ergeben, wie die in den GoBD dokumentierten Ordnungsvorschriften Beachtung finden. Die Verfahrensdokumentation muss für einen sachverständigen Dritten verständlich und in angemessener Zeit nachprüfbar sein sowie über die gesetzliche Aufbewahrungsfrist in der jeweiligen Versionen vorgehalten werden.